Kanniston Leipomon perustivat 1914 Alma ja Unto Kannisto. Tuotanto sijoittui alunperin Helsingin eteläiseen kaupunginosaan. Toisen maailmansodan jälkeen vastuun yrityksestä otti perheen tytär Lyyli Kannisto ja hänen miehensä Yrjö Sukava. Samoihin aikoihin leipomo muutti nykyisiin tiloihinsa Kankurinkatu 6:een.
Yrjön ja Lyylin menestys perustui ammattitaitoisiin leipureihin. Taitava käsityö on tästä lähtien kuulunut leipomon tunnusmerkkeihin. Leipurien saatavuus turvattiin ennakkoluulottomalla henkilöstöpolitiikalla, johon kuului mm. leipurien asuntoetu usein jopa samassa talossa.
Vuonna 1985 leipomo myytiin Kaarina Vuolteenalholle. Kaarina oli kotoisin pohjanmaalta ja omasi pitkän leipuritaustan. Hän oli aiemmin omistanut leipomon Ulvilassa. Kaarinan aikana Kankurinkadun tuotantotilat remontoitiin perusteellisesti.
Kaarinan johdossa leipomo selvisi lamasta päinvastoin kuin monet muut pääkaupungin pikkuleipomot. Monet valmistamamme tuotteet ovatkin alun perin Kaarinan käsialaa kuten esimerkiksi herkkuviiner ja omenaleivokset.
90-luvun lopulla Kaarina halusi eläkkeelle ja tuolloin hän myi leipomonsa eräälle asiakkaalleen eli Pieni Kirahvi Oy:lle. Aiemmin Pieni Kirahvi Oy toimi ravintola ja kahvila-alalla perustaen 90-luvulla useita Helsingin keskustan tunnetuimpia kahviloita. Näistä Cafe Kafka on yhä yrityksen omistuksessa.
Pieni Kirahvi halusi edeltäjiensä tapaan kehittää leipomon toimintaa. Painotus käsityöhön, korkeaan laatuun ja perinteisiin raaka-aineisiin säilyi. Tuotannossa säilytettiin perinteiset laatutuotteet ja samaan aikaan kehitettiin uusia tuotteita kuten chiabatta sekä mallas- ja siemenleipä. Myös asiakaspohjaa laajennettiin. Tänä päivänä Kanniston Leipomoa käyttävät useat laatutietoiset ravintolat, kahvilat ja jälleenmyyjät Helsingin pääkaupunkiseudulla.
Jatkuvasti lisääntyvä kysyntä johti 2006 vuoden lopulla päätökseen rakentaa uusi leipomo Punavuoreen Merimiehenkatu 20:een. Laajennus valmistui vuoden 2007 keväällä. Samaan aikaan kehitettiin myös leipomon ulkoisia tunnusmerkkejä. Leipomomme sai mm. uuden logon.